נושאים בהם פועל משרד החקלאות תוך מדיניות העדפה לאומית של יישובים או אזורים:
1. עידוד השקעות הון בחקלאות
2. העדפת הגליל בענף הלול
3. סיוע להתיישבות - החטיבה להתיישבות

החלטות הממשלה:
החלטת הממשלה מס' 2228 מיום 14/7/2002 - עדיפות לאומית
החלטת הממשלה מס' 1855 מיום 24/6/2007 בדבר התייעלות בענף ביצי המאכל
החלטת הממשלה מס' 601 מיום 19/07/2009 בדבר מטרות ויעדי החטיבה להתיישבות

אזורי עדיפות לאומית בחקלאות:

החוק המסמיך:
חוק עידוד השקעות הון בחקלאות התשמ"א-1980

מטרת ההחלטה:
לקבוע אזורים ויישובים בהם יינתנו הטבות לעידוד השקעות הון לפיתוח ענף החקלאות במגמה לקדם את הייצוא החקלאי, לפתח מוצרי חקלאות מחליפי ייבוא, לנצל את תנאי הטבע, להגדיל את היכולת הכלכלית, לפתח יידע טכני וניסיון מקצועי בענף ולעודד את המגזר החקלאי כגורם חלוצי, בטחוני וחברתי.  
 
מהות ההטבות:
מענק להקמת מפעל חקלאות כדלקמן:

 - שיעור המענק:

(א) המענק יהיה בשיעור מן המחיר המקורי של מפעל חקלאי מאושר, למעט הוצאות לרכישת הקרקע, בשיעורים אלה:
        (1) באזור פיתוח א' - 20%;
        (אפשרות למענק מינהלי נוסף בגובה 5%)

        (2)  באזור פיתוח ב' - 10%;  
        (אפשרות למענק מינהלי נוסף בגובה 10%)

עלות תקציבית (סעיף תקציבי מס' 33-27-03):
שנת 2009 : תקציב בסך 17,883,000 ₪ והרשאה להתחייב בסך 23,611,000 ₪.
שנת 2010 : תקציב בסך  37,204,000₪ והרשאה להתחייב בסך 39,211,000 ₪.

* עידוד השקעות הון בחקלאות, מפה ורשימת יישובים:

עדיפות לאומית א':
    1. בצפון: מכביש עכו עמיעד וצפונה.
    2. בדרום: מכביש אשקלון קריית גת ודרומה.
    3. ישובי הבקעה ואיו"ש (מינהלי).

עדיפות לאומית ב':
    1. ישובי קו התפר (עפ"י מפה).
    2. אזור הים התיכון (חקלאות ימית).

אופן ביצוע ההחלטה והתקדמות בהשגת המטרה:

המנהלת מפרסמת את מדיניות המשרד במסגרת תכנית הפיתוח, המתפרסמת מדי שנה. תכנית הפיתוח כוללת את הנושאים שהמשרד יעודד באותה שנת תקציב, שיעורי המענקים על פי אזורי עדיפות, נהלים וקריטריונים להגשת בקשה לאשור תכנית ולתשלום מענק ההשקעה.

יישום מדיניות ההשקעות קידמה באופן מהותי את המטרות הבאות:

    • שיפור מאזן התשלומים של מדינת ישראל ע"י עידוד הייצוא ומחליפי ייבוא מובהקים. 

    • ניצול יעיל של תנאי טבע הגלומים בתחום החקלאי. 

    • עידוד המגזר החקלאי כגורם חלוצי, בטחוני וחברתי.

* העדפת הגליל בענף העוף (חוק הגליל):

הממשלה החליטה בהחלטה  מס' 1855 מיום 24/6/2007, בדבר ביצוע רפורמה מקיפה בענף ההטלה, שעיקרה - שדרוג ענף ההטלה, תוך התייעלות העוסקים בו, הן מבחינה וטרינרית והן מבחינה סביבתית וממשקית. במסגרת החלטה זו הוטל על שרי החקלאות והאוצר, האחראים לחוק הגליל, להתאימו להחלטת הממשלה כך שמתן הסובסידיה מכוח חוק הגליל ימשיך עד לשנת 2017, בהתאמות הנדרשות.
התיקון האמור לחוק הגליל אושר בכנסת ביום 10.3.08. עדכון החוק קובע כי מתן הסובסידיה לתושבי הגליל יוארך בעשר שנים נוספות, עד לשנת 2017. בנוסף, נקבע בחוק כי תושווה רמת הסובסידיה בענף הפטם לענף ההטלה; עוד נקבע כי שיעור הסובסידיה יופחת ביחס לעלויות הייצור בכ- 30%, בהתאם למדדי התקדמות הרפורמה לאורך השנים; יושם דגש על מתן סובסידיות אך ורק לבעלי משקים המתגוררים באזורים שהוגדרו על פי החוק - אזור הצפון ובמסגרתו יישובים הנמצאים לאורך גדר הגבול בצפון.

בשנת 2008 מימוש הסובסידיה יסייע בפרנסתן של כ- 2,000 משפחות באזור הגליל.

עלות תקציבית (סעיף תקציבי מס' 33-27-14):
שנת 2009 : תקציב בסך  21,049,000 ₪ והרשאה להתחייב בסך 44,000,000 ₪.  
שנת 2010 : תקציב בסך  42,888,000 ₪ והרשאה להתחייב בסך 104,000,000 ₪.

* החטיבה להתיישבות:

החטיבה להתיישבות פועלת במסגרת ההסתדרות הציונית העולמית ועוסקת מטעם ממשלת ישראל בהקמת ישובים כפריים בטיפול בישובים וביסוסם, במימון מלא מתקציב מדינת ישראל.

ייעודה העיקרי של החטיבה להתיישבות הוא חיזוק הפריפריה של מדינת ישראל באמצעות הקמת ישובים כפריים וביסוסם בכל תחומי החיים. בתוך כך פועלת החטיבה לפיתוח מרכיבים אזוריים שישרתו את היישובים ויסייעו ביצירת אזורי התיישבות בעלי בסיס כלכלי-חברתי איתן.

אזורי פעילות החטיבה להתיישבות:

מרחב הצפון : הגליל והגולן
מרחב המרכז: בקעת הירדן, מגילות, מטה בנימין, שומרון וגוש עציון
מרחב הדרום: דרום הר חברון, הנגב

עלות תקציבית (סעיף תקציבי מס' 33-28):
שנת 2009 : תקציב בסך  75,374,000 ₪ הוצאה מותנית בהכנסה בסך 20,050,000 ₪.
שנת 2010 : תקציב בסך  68,522,000 ₪ הוצאה מותנית בהכנסה בסך 15,550,000 ₪.