בהמשך לדו"ח שפרסמה ב-2006 הועדה הציבורית לבדיקת מצבם של ילדים ונוער בסיכון, בראשות פרופ' הלל שמיד, הוביל האגף את תהליך גיבושה של תוכנית בין-משרדית שאישר
ראש הממשלה בינואר 2007. בהמשך, נקבעה רשימתה יישובים עליהם תחול התוכנית בהחלטת ממשלה נוספת, מאוגוסט 2007.

על פי התוכנית, כ-140,000 ילדים בסיכון צפויים להינות מהשקעה ממשלתית נוספת של כ-1,500 שקלים לילד בגילאי לידה עד 6, וכ-900 שקלים לילד בגילאי 6-18 . הרשויות המקומיות הן שיחליטו היכן נדרשת השקעת המשאבים בקהילה, ו"ראשי מטות" יישוביים יהוו את יחידת העילית של הטיפול בילדים ונוער בסיכון. התוכניות היישוביות ומדדי התוצאה יאושרו על ידי מטה ארצי ייעודי. התוכנית עצמה הביאה להשקעה של כ-250 מליון ₪ בשנה בנושא, כאשר קרוב למחצית מהמשאבים מושקעים בילדים בגיל הרך באמצעות תת מסגרת הקרויה "התחלה טובה". 
 
בצוות לגיבוש התוכנית השתתפו נציגי משרד הרווחה והשירותים החברתיים, משרד החינוך, משרד התעשייה המסחר והתעסוקה, משרד הבריאות, מרכז השלטון המקומי והוא הסתייע במכון ברוקדיייל-מאיירס של הג'וינט. בבסיס התוכנית, שילוב כוחות בין הרשויות המקומיות, אשר יקימו מטה מקומי, משרדי הממשלה וארגוני החברה האזרחית, תוך קביעת יעדים וסטנדרטים ברורים ואחידים באמצעות מטה לאומי (הודעה לעיתונות / מצגת).
 
מספר חודשים לאחר שאושרה, החליט ראש הממשלה על הקמת מטה הביצוע של התוכנית למשרד הרווחה והשירותים החברתיים. בהחלטת ממשלה נוספת, מפברואר 2008, הוקצה תקציב חמש-שנתי לתוכנית והוסדר הקשר שבין התוכנית, הפועלת להגדלת הטיפול הקהילתי בילדים ובנוער בסיכון, לבין הצעת חוק שהגיש ח"כ רן כהן העוסקת בטיפול חוץ-קהילתי באוכלוסיה זו.