האגף לתכנון מדיניות יזם והוביל את עבודתו של צוות בין-משרדי, בהשתתפות בעלי תפקידים בכירים באגף התקציבים במשרד האוצר ובאגפי תכנון ותקצוב במשרדי הממשלה השונים, לגיבוש תורת תכנון ממשלתית. "מדריך התכנון הממשלתי" שכתב הצוות משמש היום בסיס מושגי להיבטים שונים בעבודת הממשלה והוא מתעדכן אחת לתקופה.

גרסה 3.0 של המדריך כוללת חמישה פרקים:
1. “מעגל התכנון והתקצוב”, המפורט בפרק הראשון, מפרט את לוח הזמנים של עבודת התכנון והתקצוב הממשלתית. תחילת התהליך בגיבוש הערכת המצב המשרדית, המשכו בגיבוש הערכות מצב ובקביעת סדרי העדיפויות הממשלתיים, וסופו בבניית תוכניות עבודה מפורטות. משרד ראש הממשלה יפעל לפי לוח זמנים זה גם בשנת 2009 .
2. “הערכת המצב השנתית”, שבה עוסק הפרק השני במדריך, היא מפתח להגדרת מטרות, יעדים וכיווני פעולה עיקריים, כמו גם לקיום תהליך סדור בתוך המשרד לקביעת סדרי עדיפויות. התהליך עצמו, הכולל מחקר וחשיבה, מוסיף ממד מובהק של רענון וחידוש, לצד ביטול תוכניות ומשימות שהצורך בהן פחת או פג.
3. הפרק השלישי, הדן ב”תוכנית העבודה השנתית ומרכיביה”, מגדיר את החלקים השונים בתוכנית העבודה המשרדית השנתית, ובכלל זה מטרות רב-שנתיות, יעדים שנתיים, משימות, כלים ומדדי תפוקה ותוצאה. הגדרת המושגים השונים נועדה להבטיח שפה אחידה בממשלה בשלב התכנון ובשלב המעקב אחר יישום התוכניות והעמידה במדדים שנקבעו.
4. תהליך גיבושה של “תוכנית עבודה ייעודית”, כמתואר בפרק הרביעי במדריך, מחייב בחינה מחודשת ואמיצה של הנחות יסוד והעמקת מרחב החשיבה. הפרק מציע ארבעה שלבים עיקריים בתהליך, אשר שמירה עליהם עשויה לתרום לאיכות המדיניות שתגובש ולסיכויים שהתוכנית תיושם בהצלחה. עם אישור מסמך המדיניות, הוא יהווה חלק מתוכנית העבודה של השנה העוקבת.
5. הפרק החמישי, “מדידת תוצאות והערכה”, עוסק בעיקר בסוגי המדדים שאותם ניתן להגדיר בשלב התכנון, לצורך מעקב אחר התקדמות הביצוע. מדדי התארגנות, תפוקה ותוצאה, לצד המחקר המלווה את התוכנית, הכרחיים על מנת להבטיח היזון חוזר (“פידבק”) בתהליך: ביכולתם לצייר תמונה מהימנה באשר לעמידה ביעדים, ובמקרה של כשל הם ידעו לזהותו.
לאחר הפרקים הללו מובא נספח “ארגז הכלים הממשלתי”, ובו ריכוז של מגוון כלי המדיניות העומדים לרשות הממשלה. מטרתו לאפשר בחינה יסודית של הכלים שנעשה בהם שימוש והתאמתם ולבחון אפשרות להשתמש בכלים נוספים, אפקטיביים יותר. בסופו של המדריך מובאות תבניות עזר לגיבוש מסמך הערכת המצב המשרדית ומסמך תוכנית העבודה השנתית.

על בסיס מדריך התכנון הממשלתי (גרסה 2.0) נבנו תוכניות העבודה של משרדי הממשלה לשנת 2008 כמו גם מסמכי הערכות המצב לקראת תקציב 2009, במסגרת "מעגל התכנון השנתי" שמיסד משרד ראש הממשלה. במקביל, המהלך להטמעת תפיסה תוצאתית בעבודת הממשלה ובמשרדים והמהלך לחיזוק יכולות התכנון והמדידה במשרדים, מתבססים על מילון המושגים שבמדריך, ובפרט הגדרת מדדי ההתארגנות, התפוקה והתוצאה בעבודת הממשלה. כל אלה מעגנים, הלכה למעשה, את עקרונות ותפיסת העבודה אשר משקף המדריך.