מבחינה מבנית האגף לתכנון מדיניות פועל בשני ערוצים עיקריים: ערוץ התהליך, שנועד לשדרג את היבטי התכנון בעבודת הממשלה, וערוץ התוכן, העוסק בקידום מדיניות חברתית בתחומים שונים. שני התחומים משלימים זה את זה. הידע שנרכש בהתוויית מדיניות בתחום החברתי משפיע על "תורת התכנון" הממשלתית, ולהפך.

לאגף שתי מטרות רב-שנתיות מוגדרות, אשר לפיהן אפשר לסווג את עבודותיו:
1. ייזום, ביצוע וטיוב מהלכים לתכנון מדיניות לאומית בנושאים חברתיים, תוך שיתוף גורמי ממשלה וגורמים מחוץ לממשלה.
2. השבחת יכולות התכנון והמדידה במשרדי הממשלה בד בבד עם התנעת התהליך לשינוי אופן עבודת הממשלה.

בעבודות מן הסוג הראשון, האגף משמש מעין "אינקובטור" – הוא מונחה להוביל מהלך תכנוני ברמה הלאומית, לצורך גיבוש עקרונות מדיניות או לצורך מימושן ברמת הביצוע, משלים אותו בשיתוף בעלי העניין בפרק זמן קצוב ומעבירו לטיפול גופי הביצוע והבקרה. כך, בין היתר, גובשה התוכנית לילדים ולנוער בסיכון והתוכנית הלאומית לסיוע לניצולי השואה.
בנושאים מסוימים האגף מרכז תחום מדיניות דרך קבע, דוגמת מדיניות ראש הממשלה כלפי ערביי ישראל והמדיניות בעניין הטיפול בעורף (עד להעברת האחריות המלאה בנושא למשרד הביטחון במאי 2008). ראוי לציין שאף כי בנושאים אלו מוטלת אחריות וסמכות על גורמי ממשל אחרים, האגף הוא המטפל כגוף מטה בשאלות הדורשות את מעורבותו של ראש הממשלה.
בעבודות מן הסוג השני האגף פועל למיסודה של תורת תכנון בממשלה, להעצמתם של הגופים העוסקים בתכנון מדיניות, להשבחת יכולותיהם ולביסוס תהליכים ותמריצים התומכים בכך. הוא עושה זאת, בין היתר, באמצעות הטמעת "מעגל התכנון השנתי", ובו דרישה שנתית לתוכניות עבודה ומסמכי "הערכת מצב" משרדיים ובאמצעות שינוי תפיסת היחסים עם החברה האזרחית.

במסגרת עבודתו השוטפת, וכבסיס לעדכונים אחת לתקופה, הציב לעצמו האגף מספר מדדי תפוקה ותוצאה לעבודתו, כהגדרתם במדריך התכנון הממשלתי, ביניהם:
1. מדד תפוקה: העלאת שיעור העבודות אשר במהלך הכנתן ציבור בעלי העניין היה שותף בתהליך גיבוש המדיניות הנוגעת לו ועשוייה להשפיע עליו.
2. מדד תפוקה: העלאת היקף הנושאים המטופלים באגף אשר תחילתם בהערכת מצב סדורה ותעדוף מובנה שנעשה באגף מבעוד מועד.
3. מדד תפוקה: העלאת מספר העבודות שהאגף מפרק בהן את הנחות היסוד המקובלות, ממקד את השינוי הנדרש או מייצר "שפן" המוביל לפתרון או לשינוי מפתיע בחשיבה.
4. מדד תוצאה: העלאת היקף הנושאים שנעשית בהם עבודת מטה מתוך סך הנושאים בתחומי חברה וממשל המטופלים אצל מנכ"ל משרד ראש הממשלה.
5. מדד תוצאה: העלאת מספר העבודות שזכו למידה רבה של לגיטימציה וקונצנזוס, בשל היותם גורמים משפיעים על הסבירות שהעבודה תיושם .
6. מדד תוצאה: שיעור גבוה של עבודות מטה שהוכנו על ידי האגף, אושרו והפכו להחלטות מחייבות של מנכ"ל המשרד, ראש הממשלה או הממשלה כולה.

במהלך השנה הקרובה, צפוי האגף להמשיך ולעסוק בביסוס תשתיות המדיניות במערכת הממשלתית, ביישום ההחלטה להצמדת מדדי הצלחה להחלטות הממשלה, בגיבוש החלטות לקידום המגזר הערבי, בקידום מהלך בתחום ההתנדבות והיזמות ובהשלמת העבודה בנושאי מינהל ציבורי עם ארגון ה-OECD.