האגף לתכנון מדיניות ריכז את הוועדה לגיבוש תוכנית חומש לשנים 2008 – 2013 לקידום קליטתם של יוצאי אתיופיה בעלות כוללת של 870 מיליון ש"ח. הוועדה, בראשות מנכ"ל משרד ראש הממשלה, כללה נציגים ממשרד הקליטה, משרד הבינוי והשיכון, משרד החינוך, משרד הרווחה והשירותים החברתיים ומשרד התמ"ת וכן נציגות של הקהילה האתיופית בישראל.

התוכנית מתמקדת בקבוצת הצעירים (בני 16 – 35) ובשכונות שבהן ריכוז גבוה של עולים, ובמארס 2007 היא אושרה בממשלה. ביסוד המדיניות, הרצון לקדם את שילובם של צעירים אתיופים בתעסוקה הולמת ובמוסדות להשכלה גבוהה, מתוך הבנה שזה המפתח להשתלבות ארוכת טווח, לאפשר לעולים חדשים ולזוגות צעירים לרכוש דיור הולם ביישובים מבוססים באמצעות הגדלת הסיוע הכספי ולשפר את תנאי חייהם של העולים בתחומי החינוך, הרווחה, הקהילה והתעסוקה בסביבת מגוריהם באמצעות שיקום שכונות פיזי וחברתי.

בעבודה נפרדת בה עסק האגף, נבחנה שאלת עלייתם ארצה של בני הפלשמורה. במארס 2005 התקבלה החלטת הממשלה המגבילה את מספרם של בני הפלשמורה אשר יורשו להעלות לישראל ל-17,188, וזאת בהסתמך על סקר שערך משרד הפנים ועל אף שבני הפלשמורה אינם מוכרים כיהודים על פי חוק השבות. במהלך שנת 2008, הושלמה העלאתה ארצה של הקבוצה.

עם תום בחינתם והבאתם לארץ של המנויים בהחלטת הממשלה מ-2005, פנה הועד להצלת שארית יהודי אתיופיה בבקשה שהממשלה תרחיב את ההחלטה הקיימת גם לגבי כ-8,700 בני פלשמורה נוספים הנמצאים במחנה גונדר שבאתיופיה. האגף לתכנון מדיניות התבקש על ידי מנכ"ל משרד ראש הממשלה לבחון את הנושא, תוך שיתוף הגורמים המרכזיים המעורבים בנושא במשרדי הממשלה, בארגוני החברה האזרחית וביהדות התפוצות.

האגף הציג את תוצאות עבודתו בפני ראש הממשלה והשרים הנוגעים בדבר, ובספטמבר 2008 קיבלה הממשלה החלטה אשר קבעה כי תושלם בדיקת הרשומים בסקר שערך משרד הפנים ב-1999, ובלבד שהתגוררו בגונדר במהלך השנה שקדמה להחלטה ואשר קרובי משפחתם הגישו או יגישו עבורם בקשה בנדון. עוד הוחלט על הקמת צוות שימליץ בדבר שינויים במדיניות ההגירה של מדינת ישראל.